補助金・助成金は課税対象？圧縮記帳と確定申告【2026年最新】

補助金・助成金には税金がかかる？結論を先に解説

結論として、補助金・助成金は原則として課税対象になります。法人であれば益金算入により課税所得を構成し、個人事業主であれば事業所得等の収入金額に含まれます。ただし、雇用調整助成金のように一部非課税や特例的な取り扱いがされる制度も存在するため、受け取った補助金ごとに個別の制度概要を確認することが重要です。

例えば、ものづくり補助金や事業再構築補助金のように設備投資を目的とした補助金は、原則として受給した年度の益金に算入されます。一方で、性質上「損失の補填」に近いとされる一部の給付金は非課税とされるケースもあります。自社が受け取った補助金がどちらに該当するかは、交付要綱や国税庁の見解を確認する必要があり、判断に迷う場合は税理士など専門家への相談が推奨されます。

• 設備投資系補助金（ものづくり補助金など）→原則課税
• 雇用関連の一部助成金→非課税となるケースあり
• 不明な場合は個別に専門家へ確認

なぜ補助金は課税対象になるのか（益金算入の基本ルール）

益金算入とは、法人税法上、企業が得た経済的利益を課税所得の計算に含めることをいいます。補助金は対価性のない収入であっても、法人の資産を増加させる経済的利益とみなされるため、原則として受給した事業年度の益金に算入されます。これは売上のような対価性収入と同じ扱いを受けるという点がポイントです。

例えば、500万円の補助金を受け取り、法人税等の実効税率を約30%と仮定すると、単純計算で約150万円が納税負担として発生する可能性があります。これは補助金を運転資金として使い切ってしまった場合でも変わらず、資金繰りを圧迫する要因になり得ます。個人事業主の場合も、事業所得の総収入金額に補助金額を加算して所得税・住民税を計算するため、同様の負担が生じます。

受給額	実効税率(目安)	納税負担の目安
500万円	約30%	約150万円
1,000万円	約30%	約300万円

このように益金算入の仕組みを理解しておかないと、補助金入金後の資金計画が狂う可能性があるため注意が必要です。

圧縮記帳とは？課税を先送りできる制度の仕組み

圧縮記帳とは、国庫補助金等で取得した固定資産の帳簿価額を補助金相当額だけ圧縮し、受給年度の課税所得を抑えつつ、その後の減価償却を通じて数年かけて課税していく会計・税務上の制度です。一括で課税されるショックを緩和し、資金繰りを安定させる目的があります。

具体例として、1,000万円の設備を国庫補助金600万円を使って取得したケースを考えます。圧縮記帳を適用すると、固定資産の帳簿価額は1,000万円から600万円を差し引いた400万円として計上されます。その結果、受給年度に一括で600万円分の課税所得が発生することを避け、その後の減価償却費が圧縮後の400万円をベースに計算されるため、毎年の減価償却費は圧縮しない場合より少なくなり、結果として将来にわたり少しずつ課税される仕組みになります。

• 圧縮記帳あり：受給年度の課税所得急増を回避
• 圧縮記帳なし：受給年度に補助金全額が課税所得に算入
• いずれも将来の減価償却費の合計額に差が生じる

あくまで課税の繰り延べであり、非課税にする制度ではない点は誤解しやすいので注意が必要です。

圧縮記帳を使うには？適用要件と対象となる補助金の種類

圧縮記帳を適用するには、国庫補助金等で固定資産の取得または改良を行ったことが原則的な要件です。運転資金や経費補填を目的とした補助金は対象外となるのが一般的です。また、確定申告書に圧縮記帳に関する明細書を添付するなど、一定の申告手続きが必要になります。

対象となりやすい補助金の例としては、ものづくり補助金、事業再構築補助金、IT導入補助金（ハードウェア購入を伴う場合）などが挙げられます。一方、小規模事業者持続化補助金のように経費補填的な性質が強いものは、圧縮記帳の対象とならない場合があるため個別確認が欠かせません。なお、本記事の金額・要件は2026年8月時点の公募情報にもとづくものであり、最新の内容は各制度の公式ページで確認することをおすすめします。

• チェック1：補助金が固定資産の取得・改良に充てられているか
• チェック2：国等からの補助金であるか（国庫補助金等に該当するか）
• チェック3：確定申告書に必要な明細書を添付できるか

圧縮記帳は結局お得なのか？メリット・デメリットを比較

圧縮記帳は税負担そのものを軽減する制度ではなく、あくまで納税のタイミングを繰り延べる制度です。そのため「お得かどうか」は資金繰りの状況や将来の業績見込みによって変わります。単年度の急激な税負担を避けたい場合には有効ですが、長期的な納税総額はほぼ変わらない点を理解しておく必要があります。

観点	圧縮記帳あり	圧縮記帳なし
受給年度の税負担	軽減される	一括で重くなる
将来の減価償却費	少なくなる	多くなる
資金繰り	安定しやすい	圧迫されやすい

一般的に、補助金額が大きく、受給年度の利益水準が高い企業ほど圧縮記帳のメリットを享受しやすいとされています。一方で、将来的に業績悪化や赤字が見込まれる場合は、繰延べた税負担が重くのしかかる可能性もあるため、適用の可否は財務状況を踏まえて個別に判断することが望ましいでしょう。

確定申告での処理方法は？必要書類と記載手順

確定申告で圧縮記帳を適用する場合、法人税申告書の別表十三などの明細書を作成し、圧縮限度額の計算根拠を明示する必要があります。個人事業主の場合も、青色申告決算書に固定資産の取得価額や圧縮額を反映させ、確定申告書に必要事項を記載します。

一般的な手順は以下の通りです。

1. 補助金の交付決定通知書・振込証明などの書類を保管する
2. 固定資産の取得価額と補助金相当額を確認する
3. 圧縮記帳の方法（直接減額方式・積立金方式など）を選択する
4. 確定申告書に圧縮記帳に関する明細書を添付する
5. 圧縮後の帳簿価額をもとに、以降の減価償却を計算する

書類不備があると税務署から確認や修正を求められる可能性があるため、記帳や申告に不安がある場合は税理士に相談することが望ましいでしょう。補助金の申請段階から資金計画や税務処理まで一括で相談したい場合は、無料相談「補助金コンシェルジュ」（/hojokin-kyokasho#concierge）を利用する方法もあります。

圧縮記帳をしないとどうなる？未処理のリスクと注意点

圧縮記帳は任意適用の制度であり、確定申告時に選択しなかった場合、その年度に補助金全額が課税所得に算入され、想定より納税額が大きくなる可能性があります。特に多額の設備投資型補助金を受けた場合、資金繰りに大きな影響が出ることもあるため注意が必要です。

例えば、補助金600万円を受け取ったにもかかわらず圧縮記帳を適用しなかった場合、その年度の課税所得に600万円がそのまま加算されます。実効税率30%と仮定すると、単純計算で約180万円の追加納税が発生する可能性があり、資金繰り計画に補助金の税負担を織り込んでいなかった場合、資金ショートのリスクにもつながりかねません。

• 受給年度に想定外の納税負担が発生するリスク
• 資金繰り計画の見直しが必要になるリスク
• 圧縮記帳は事後修正が難しいため事前準備が重要

一般的に、補助金の交付が決まった段階で税理士等に事前相談し、圧縮記帳の適用可否と資金計画を並行して検討しておくことが望ましいとされています。

個人事業主と法人で処理は違う？申告時のポイント

個人事業主と法人では、補助金の収益計上や圧縮記帳の処理方法に一部違いがあります。法人は法人税法上の益金算入・圧縮記帳の規定に基づき別表を用いて処理しますが、個人事業主は所得税法上の総収入金額への算入と、青色申告決算書上での圧縮記帳的な処理（総収入金額不算入の特例など）を活用する形になります。

例えば、法人が機械設備を国庫補助金で取得した場合は法人税申告書の別表十三で圧縮限度額を計算しますが、個人事業主が同様の設備を取得した場合は、青色申告決算書の減価償却費の計算欄に圧縮後の取得価額を反映させる形で申告します。いずれの場合も、確定申告書への正確な記載と根拠書類の保存が求められます。

• 法人：法人税申告書の別表十三等で圧縮記帳を処理
• 個人事業主：青色申告決算書・確定申告書で総収入金額の調整を行う
• 共通：交付決定通知書・振込証明・固定資産台帳の保存が必須

制度の細かな適用要件や記載方法は年度により変更される可能性があるため、申告前に税理士へ確認することをおすすめします。

この記事のまとめ

• 補助金・助成金は原則として益金算入・収入計上の対象であり課税される
• 圧縮記帳は課税を将来に繰り延べる制度であり、非課税にする制度ではない
• 圧縮記帳の対象は固定資産の取得・改良に充てられた国庫補助金等に限られる
• 圧縮記帳を適用しないと受給年度に補助金全額が課税所得に算入されるリスクがある
• 法人と個人事業主では申告書上の処理方法が異なるため、それぞれの様式に応じた対応が必要

よくある質問

Q. 補助金をもらったら必ず税金がかかりますか？

A. 原則として補助金・助成金は「益金」または「収入」として課税対象になります。ただし雇用調整助成金など非課税扱いのものも一部あるため、個別の制度概要を確認する必要があります。

Q. 圧縮記帳をすれば税金は完全になくなりますか？

A. いいえ、圧縮記帳は課税を将来に繰り延べる制度であり、非課税にするものではありません。取得資産の減価償却を通じて、数年かけて課税されていく仕組みです。

Q. 圧縮記帳はどんな補助金でも使えますか？

A. 使えません。国庫補助金等で固定資産の取得や改良に充てられたものが対象です。運転資金や経費補填目的の補助金には原則として圧縮記帳は適用できません。

Q. 確定申告で圧縮記帳を忘れた場合はどうなりますか？

A. 圧縮記帳は任意適用のため申告時に選択しなかった場合、その年度に補助金全額が課税所得に算入され、納税額が増加する可能性があります。事前準備が重要です。